A törökellenes visszafoglaló háború 1688-ig nagy győzelmeket hozott a császári seregeknek, köszönhetően annak, hogy a birodalom minden erejét erre a hadszíntérre tudta koncentrálni. Az 1689. évi hadjárat azonban már aggasztó körülmények között kezdődött. XIV. Lajos ugyanis már nem tudta elfogadni, hogy a korábbi győzelmekkel Lipót hatalma és tekintélye nem várt módon megerősödik. Ezért, megszegve az 1684-ben kötött regensburgi egyezményt, 1688. szeptemberében lerohanta Pfalzot és elfoglalta a kulcsfontosságú Philippsburgot. Ezzel kitört a „kilencéves háború” (1688–1697). Lipót azonban már 1686 nyarán létrehozott egy franciaellenes védelmi szövetséget, az Augsburgi Ligát, Spanyolország, Svédország, továbbá a bajor, sváb és frank kerületek részvételével. Ehhez 1689-ben Anglia, Dánia, Hollandia, Szavoja és Brandenburg is csatlakozott, így alakult ki a „Nagy Szövetség”. A koalíció tagjai többségükben a franciák által elhódított területeiket akarták visszaszerezni. Angliában azonban épp ekkor, 1688-ban a „Dicsőséges Forradalom” során elűzték a franciabarát Stuart (II.) Jakabot. Helyébe lánya, Mária lépett, az ő férje pedig Orániai Vilmos, Hollandia helytartója és XIV. Lajos legádázabb ellensége volt. Vezetésük alatt Anglia már egy magasabb cél, a gyarmatbirodalmak kiépítéséért (is) háborúzott, többek között épp Franciaországgal az amerikai gyarmatokért. De a tengeri hatalmaknak, Angliának és Hollandiának ugyancsak komoly haszna származott az Oszmán Birodalommal folytatott kereskedelemből is, amelyen azonban osztozniuk kellett a franciákkal.
A Habsburg–török háború tehát egy összeurópai konfliktus részévé vált, noha az Udvar a súlypontot mindvégig a francia frontra helyezte. A szövetség azonban lehetővé tette Lipót számára, hogy kétfrontos háborút vívjon, és maradjon elég ereje arra, hogy a törökkel szemben 1688-ig megszerzett pozíciókat szintén maradéktalanul megtarthassa. Magyarország számára azonban ez nem jelentett vigaszt, mivel a nyugati fronton zajló küzdelem miatt a törökellenes felszabadító háború is elhúzódott, mérhetetlen szenvedést zúdítva a lakosságra. A kilencéves, vagy más néven pfalzi örökösödési háború az 1697-ben Ryswijkben megkötött békével zárult.
Eközben a sorozatos vereségek hatására a Porta újból békeajánlattal fordult Bécshez, de az Udvar teljesíthetetlen feltételeket támasztott, így ismét a fegyvereké lett a szó. Ebben persze komoly szerepet játszott a francia diplomácia is, amely háborúra tüzelte a Portát.
1689-ben a császár Bádeni Lajost nevezte ki a török elleni hadjárat parancsnokává, aki haderejének csekély létszáma (24 000 fő, 50 ágyú) ellenére az övénél kétszer erősebb ellenséggel szemben támadólag lépett fel. A törökök elsősorban Belgrádot akarták visszavenni, ám Bádeni Lajos ellenük vonult, és a grabovac–batočinai kettős csatában szétverte az ellenséget. A teljes török tábor 108 ágyúval együtt zsákmányul esett.
A hatalmas ellátási nehézségekkel ellenére, a 17 000 főre olvadt császári sereg folytatta a hadjáratot. Szeptember 24-én Niš mellett újabb győzelmet arattak a kétszeres török túlerő felett, mire Niš vára is megadta magát. Az itt zsákmányolt élelmiszer egyben utánpótlási gondjait is megoldotta. Bádeni Lajos, megfelelő helyőrséget hátrahagyva, visszafordult az Al-Duna felé, és a hadjárat kezdetén elvesztett várakat is sorra visszavette. Az 1689. évi sikersorozat részeként február 13-án Szigetvár is kapitulált.
E hadjárattal a császári seregek hatalmas területeket vontak ellenőrzésük alá a Balkánon, ám ennek megtartásához már nem rendelkeztek elegendő erővel. A helyzetet a súlyos utánpótlási gondok csak tovább nehezítették. Bádeni Lajos ezért már 1690 elején javasolta a Dunától délre eső területek kiürítését, és Belgrád előterében védelmi pozíciók létesítését, valamint Erdély hatékonyabb biztosítását.
Javaslatainak megvalósítására nem maradt idő. Az 1689 őszén kinevezett új nagyvezír, Köprülü Musztafa erős kézzel rendet teremtett, nagy és jól felszerelt hadat állított ki, és átvette a kezdeményezést. A Porta újfent Belgrádot akarta visszafoglalni, de ehhez előbb a Balkánt kellett megtisztítani a császáriaktól. Kezükre játszott, hogy Thököly augusztus 21-én Zernyestnél megsemmisítette az erdélyi hadtestet, rákényszerítve ezzel Bádeni Lajost, hogy magára hagyja Belgrádot, és Erdély védelmére vonuljon. A Balkánon maradt, elszigetelt császári helyőrségek nem tudták tartani magukat, sorra török kézre kerültek. A nagyvezír hada október 1-én zárta körül Belgrádot. A védelem nem tartott sokáig, 8-án máig ismeretlen okból felrobbant a lőszerraktár. A törökök azonnal kihasználták keletkezett zűrzavart, és egyetlen rohammal, szinte kardcsapás nélkül elfoglalták az erősséget. A győzelem után a tatár kán csapatai még Lippát, Lugost és Karánsebest is visszavették. A 1690. év egyetlen keresztény sikere, hogy a védők több mint egy esztendei blokád után, április 13-án feladták Kanizsa várát.
Fotó: Lánckengyeles szablya (XVII. század vége)
A bécsi hadvezetésnek fel kellett ismernie, hogy az 1690. évihez hasonló csekély erővel harcba szállni értelmetlen. Csapatokat vezényeltek át a francia frontról, valamint igénybe vették a birodalmi segítségét is. Az Udvari Haditanács ugyan csak védekezésre adott utasítást, ám a császár által főparancsnokká kinevezett Bádeni Lajos épp ellenkezőleg, kezdeményezően akart fellépni.
A nagyvezír serege július végén ért Belgrádhoz, s ott várta be a további erősítéseket. A császári sereg ugyanekkor érte el a további hadműveletek bázisául szolgáló Péterváradot, majd a Zimonynál táborozó törökök ellen fordult. Bádeni Lajos azonban meg sem próbálta megtámadni a jól körülsáncolt török tábort, hanem visszavonult, és Szalánkeménnél állította meg csapatait, ahol a terepadottságok folytán kedvező pozícióban várhatta a törököket.
Augusztus 18-án reggelre azonban a helyzet gyökeresen megváltozott. A nagyvezír serege az éjszaka folyamán megkerülte a császáriakat, és a mögöttük magasodó hegyen erődített tábort létesített. Ezzel a hadmozdulattal a nagyvezír elvágta a császári csapatok szárazföldi összeköttetését a legfőbb ellátó bázissal, Péterváraddal. Bádeni Lajos felismerte, hogy hátrányos helyzetéből csak a török tábor megtámadásával törhet ki, s ebből bontakozott ki azután a „század legvéresebb csatája”, ahogy maga a fővezér nevezte jelentésében. A nehezen kivívott győzelem a császári seregnek 7186 elesett vagy sebesült katonájába került, a törökök viszont egyes becslések szerint 20 000 főt vesztettek.
Lipót császár ezután azt kívánta Bádeni Lajostól, hogy foglalja vissza Belgrádot. Az őrgróf azonban seregének állapota miatt ezt lehetetlennek tartotta. Ehelyett október 10-én Váradot vette ostrom alá, ám november 5-én a rossz időjárás miatt az ostrom beszüntetése mellett döntött. Várad szoros blokád alatt maradt.
A szalánkeméni csata valójában még nem döntött el semmit. Bizonyította ugyan, hogy császári sereg most már szinte minden szempontból ellenfele fölé nőtt, és az előző esztendő kudarcai után visszaadta annak önbizalmát, a háború azonban még hat hosszú évig tartott, mérhetetlen szenvedést zúdítva az ország lakosságára.
Az 1692 és 1696 közötti öt esztendő az ellenfelek közti „iszapbirkózássá” fajult. A Habsburg monarchia kétfrontos háborúra kényszerítve nem tudott akkora erőt koncentrálni az oszmánok ellen, hogy döntő győzelmet vívjon ki, a Porta pedig tovább kísérletezett az elvesztett területek, a végén főleg Erdély visszaszerzésével.
Az 1692-es hadjárati év egyetlen érdemleges hadisikert hozott, Várad kapitulációját, amelyet június 6-án adtak fel védői. A Magyar Királyság területéből a Bánáton és Temesváron kívül így már csak Gyula és Borosjenő környéke maradt oszmán fennhatóság alatt. A két fősereg viszont ebben az évben gondosan elkerülte egymást. Bádeni Lajos ezért hozzáfogott, hogy Péterváradot a Délvidék központi bázisává építse ki, jelentősen enyhítve az itt harcoló csapatok addigi állandó ellátási problémáin. Az erődöt többlépcsős sáncrendszerrel vették körül. Pétervárad fontosságát tovább növelte, hogy rajta keresztül, Szegeden át viszonylag könnyen kapcsolatot lehetett tartani az erdélyi hadtesttel.
Az 1693. évi hadjáratban a császári haderő Belgrád megvételével próbálkozott, sikertelenül, az 1694. évi pedig a törökök ostromolták hiába Péterváradot. Ezen időszak egyetlen sikere megint egy blokádhoz fűződik, ugyanis Gyulát az állandó éhezéstől és a kemény téltől súlytott védők 1695. január 12-én feladták.
Az 1695-ös esztendő két nagyravágyó, de tehetségtelen „hadvezér”, a jobb híján és az általa kiállított 12000 katonáért cserébe császári főparancsnokká kinevezett I. Frigyes Ágost szász választó és az új szultán, II. Musztafa küzdelmét hozta. Ennek egyetlen „eredménye” lett: a magára hagyott erdélyi hadtestet az ötszörös túlerőben levő török sereg Lugosnál megsemmisítette.
Frigyes Ágost ugyanazon okokból 1696-ban is fővezér lett. Temesvárat vette ostrom alá, ám az ostromműveleteket a most is a szultán által vezetett török sereg közeledtére abbahagyta, és elindult, hogy megütközzön azzal. A két haderő augusztus 26-án Heténynél csapott össze, ám az egész napos, mindkét oldalon súlyos veszteségekkel járó harc nem hozott döntést.
A kudarcok után a bécsi hadvezetésnek sokadszorra is be kellett látnia, hogy félmegoldásokkal nem lehet eredményt elérni. További erőfeszítésekre kényszerültek, noha a monarchia már alig tudta finanszírozni a kétfrontos háborút. Helyzetüket azonban nagyban megkönnyítette, hogy 1697. május 9-én Rijswijkben megkezdődtek a béketárgyalások a franciákkal, így a nyugati frontról jelentős erőket lehetett átvezényelni a török ellen. Ugyanakkor a harcias II. Musztafa még mindig reménykedett, hogy visszaszerezheti az elveszett területeket, és folytatni akarta a küzdelmet, noha az Oszmán Birodalmat is kimerítette az évtizedek óta tartó folyamatos háborúskodás. Harcra tüzelte őt a francia diplomácia is, mivel XIV. Lajos a Habsburgok megszorongatása révén akart kedvezőbb tárgyalási pozícióba kerülni. A császár ugyanezt kívánta elérni a török felett aratott győzelemmel.
Talán még ennél is jelentősebb következményekkel járt, hogy végre megfelelő ember kapta meg a főparancsnoki posztot, mivel a császár a tehetségtelen Frigyes Ágost helyett Szavojai Jenő herceg tábornagyot nevezte ki főparancsnokká.
Fotó: Spádé (XVII. század vége)
A török elleni hadműveletek megindítását jelentősen késleltette a július 1-én kirobbant hegyaljai felkelés. A jól képzett reguláris csapatok azonban három hét alatt leverték a zendülőket, de csak augusztus végén csatlakoztak a fősereghez.
Az időközben Belgrád alá érkezett II. Musztafa haditanácsot tartott, amelynek során két lehetséges cél került szóba: Pétervárad, illetve Erdély, Várad s rajtuk keresztül Felső-Magyarország. A heves vitában végül ez utóbbi álláspont győzött. E döntés eredményeképp, némi ide-oda vonulgatás után, a török sereg a Tisza mentén északnak menetelve, szeptember 7-én Erdély felé fordult. Jenő herceg haladéktalanul az üldözésükre indult. Útközben értesült arról, hogy a török sereg Zentánál partváltásra készülődik a Tiszán. Ezért az azonnali támadás mellett döntött. Tette ezt annak ellenére, hogy a Haditanács kifejezetten védekezést írt elő a neki szóló parancsban. Jenő herceg azonban, miként korábban Bádeni Lajos, mit sem törődött ezzel.
Az 1697. szeptember 11-én lezajlott csatában a császári haderő megsemmisítő győzelmet aratott. Ez döntőnek bizonyult, s rákényszerítette az Oszmán Birodalom vezetőit, hogy békeajánlattal fordulnak Lipót császárhoz. Az angol és holland diplomácia közvetítésével, valamint a Szent Liga tagjainak részvételével folyó előkészítő szakasz egészen 1698 szeptemberéig húzódott. Ezután került sor az érdemi tárgyalásokra, mely hosszas huzavona után végül eredményre vezetett. A huszonöt évre szóló békekötés dokumentumait 1697. január 26-án írták alá. A megegyezés a status quo alapján történt, így a Temesköz kivételével egész Magyarország és Erdély a császár uralma alá került. Ezzel lezárult az ország számára oly sok szenvedést és pusztítást hozó, tizenhat évi tartó felszabadító háború, s tulajdonképpen véget ért az ország további történetét minden szempontból befolyásoló, sok tekintetben eldöntő török hódítás korszaka is.